1. Подключил несколько контроллеров, но опрос значений идет медленно

При добавлении устройств в узел они опрашиваются последовательно, поэтому опрос замедляется.

Можно добавить каждое устройство в отдельный узел - это приведет к распараллеливанию опроса и его ускорению.

Примечание. В данном режиме нужно обязательно установить динамический Source Port (задать его в 0 - см. пункт 2) - иначе возможны перепутывания пакетов от разных контроллеров.

2. Не удается установить связь с контроллером при стороннем запущенном ПО (CX-Programmer, другой OPC).

По умолчанию ОРС сервер использует для запросов и ответов порт 9600 (так как ряд контроллеров Omron всегда посылают ответ на порт 9600). Поэтому если порт уже занят другой программой, то ОРС не сможет его инициализировать и обмена не будет.
В этом случае можно поступить двумя способами:
1. В настройках OPC сервера задать настройку IP Source Port = 0. В этом случае порт будет выбираться автоматически системой. Этот вариант подойдет если модель контроллера отвечает на тот порт с которого пришел запрос.
2. Закрыть другое ПО.